Ultimamente tive alguns problemas ao usar o plugin java icedtea (versão 6 e 7) com o firefox. Problemas como lentidão e crash repentinos estavam acontecendo frequentemente, além de não abrir certificados java no navegador. A solução foi instalar o plugin java da oracle que vem na JRE.
Para instalar o plugin basta apontar o arquivo libnpjp2.so, que vêm na JRE, geralmente no caminho (dependendo da sua versão java e da arquitetura da sua máquina) java-6-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/libnpjp2.so (ao invés de amd64, usar i386 para sistemas de 32bits).

*Verificar se a pasta ~/.mozilla/plugins/ já existe, se não existir criar com o comando abaixo.

mkdir ~/.mozilla/plugins

Comando para linkar o plugin:

ln -s /[pastadeinstalacao]/java-6-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/libnpjp2.so ~/.mozilla/plugins/libnpjp2.so

Reinicie o firefox e veja se o plugin está instalado em Tools->Add-ons.